Die IFW, ALIF und AİF, sowie ihre Hilfs- und Zweigvereine sind jeweils eigenständige, strukturell und finanziell unabhängige Einrichtungen, die gemäß ihren Statuten transparent agieren. Sie sind eigenständige Vereine mit eigenen Entscheidungsorganen.
Sie sind zudem Hilfsvereine der Kultusgemeinde Islamische Föderation der Islamischen Glaubensgemeinschaft in Österreich (IGGÖ), die eine selbständige Körperschaft des öffentlichen Rechts im Sinne des Artikels 19 der Verfassung der IGGÖ iVm §8 des Bundesgesetzes über die äußeren Rechtsverhältnisse islamischer Religionsgesellschaften (Islamgesetz 2015) ist.
Die Moscheen der Islamischen Föderationen werden über Mitgliedsbeiträge und Spenden unterhalten. Sie organisieren ihre Angelegenheiten autonom und haben eigene Obleute. Neben ihren religiösen Aufgaben nehmen die in diesen Moscheen beschäftigten Imame auch seelsorgerische Aufgaben wahr. Die Gehälter der Imame werden ausschließlich aus Eigenmitteln gezahlt.
IFW, ALIF und AİF üben zugleich die regionalen Vertretungen der Islamischen Gemeinschaft Millî Görüş (IGMG) aus. Die IGMG ist eine islamische Religionsgemeinschaft mit Hauptsitz in Deutschland. Als Dachverband gehören ihr weitere, überwiegend europäische, regionale Vertretungen an. Diese unterhalten europaweit Moscheen sowie Einrichtungen im Bereich Soziales, Kultur, Bildung und Wohlfahrt. Die IGMG ist über ihre Mitgliedschaft im Islamrat für die Bundesrepublik Deutschland zugleich Mitglied des Koordinationsrates der Muslime (KRM), dem Ansprechpartner in Deutschland in muslimischen Angelegenheiten für Zivilgesellschaft und Staat, etwa bei der Deutschen Islam Konferenz. Die IGMG ist politisch und finanziell unabhängig.
